Mai multe afectiuni pot fi cauza malabsorbtiei si se pot asemana bolii celiace. Ele includ sprue tropical, boala Whipple, giardioza, suprainfectia bacteriana si deficitul de imunoglobuline. Aceste maladii se deosebesc, de obicei, de boala celiaca prin unele trasaturi speciale. De asemenea, nu raspund la o
dieta lipsita de gluten. Dermatita herpetiforma este o afectiune cutanata insotita de mancarimi, cu cule, care se datoreaza tot intolerantei la gluten. Eruptia apare de obicei pe coate, genunchi si fese. Dermatita herpetiforma poate fi cauza unor distrugeri intestinale semnificati, identice celor din boala celiaca.
Totusi, ar putea sa nu produca simptome digesti noile. Se trateaza cu o dieta lipsita de gluten, la care se adauga medicamente care controleaza eruptia.