Desi cercetatorii nu au descoperit misterul care sta in spatele acestor boli, exista un consens general despre ce nu le cauzeaza. Contrar conceptiilor trecute, cercetatorii nu mai cred ca
stresul este unul dintre novati, desi el poate agrava simptomele. Nu se mai crede nici ca afectiunile sunt transmise prin intermediul unei infectii vehiculate de la o persoana la alta. Exista cateva teorii despre ce le poate declansa.
Sistemul imun. Una dintre teorii este ca afectiunile sunt legate de un rus sau o bacterie necunoscute. Inflamatia rezulta din lupta sistemului imun care incearca sa elimine invadatorii. De fapt, medicamentele care supreseaza sistemul imun au eficienta remarcabila in controlarea simptomelor in cazul multor persoane. Este posibil si ca inflamatia sa fie determinata de rus sau de bacteria insasi.
Ereditatea. 15-20 % dintre cei cu boala Crohn sau colita ulcerativa au un membru apropiat al familiei care are o boala inflamatorie intestinala - un parinte, un frate, o sora sau un copil. Susceptibilitatea unei persoane la boala inflamatorie intestinala poate fi data de multipli factori genetici. Detalierea acestor factori este subiectul unor cercetari intense.
Mediul. Amandoua afectiunile sunt mai frecvente in cadrul tarilor dezvoltate si in orase. Acest lucru a facut ca unii cercetatori sa speculeze ca unii factori de mediu, cum ar fi dieta, ar putea juca un rol. Cei care traiesc la orase au tendinta de a manca mai multe alimente grase decat cei din zonele rurale. O alta teorie este ca cei care fac parte din natiuni cu medii inconjuratoare mai curate ar putea fi ctimele\" unei igiene corecte si a masurilor publice de sanatate. Ca rezultat, ei den mai vulnerabili la infectii mai tarziu in cursul etii, sistemul imun reactionand exagerat.